研究所始建于2007年4月，由中山大学批准同意成立，汪建平教授任所长，王磊教授任常务副所长，兰平教授任副所长，吴小剑教授任秘书；研究所办公及实验场所划分在中山大学附属第六医院4号楼3至4层，每层占地面积约400㎡，当时仪器设备总价值约200余万元，专注于胃肠道疾病的研究。
2009年7月，研究所从美国迈阿密大学引进刘焕亮教授任常务副所长，与行政副所长王磊教授一起共同管理研究所日常及科研工作；2012年5月，引进邹鸿志教授至研究所全职从事科研工作，担任副所长。
2013年4月，经广东省机构编制委员会办公室研究，同意设立广东省胃肠病学研究所，为中山大学附属第六医院直属公益一类事业单位，从此中山大学胃肠病学研究所正式取得机构编制，成为省属事业单位。
广东省胃肠病学研究所的成立目的，在于通过科研的开展和相关成果的应用，协助政府制订广东省胃肠疾病领域常见多发疾病的防治策略，推动和指导防治工作的实施；整合省内各研究单位的资源，加强合作，深入开展胃肠道疾病基础及临床研究；建立全省胃肠道肿瘤、炎症性肠病、放射性肠炎等疾病数据库，为胃肠道疾病的防治及医保政策的制定提供依据；提高全省乃至全国胃肠道疾病的诊治水平；以中山大学附属第六医院为依托，培养胃肠道疾病领域的各类相关人才。
2016年4月，经中山大学附属第六医院院长书记会议研究决定，汪建平教授任广东省胃肠病学研究所荣誉所长，兰平教授任所长。
2011年3月18日，研究所从医院4号楼搬迁至中山大学药学院，面积约1000㎡，仪器设备总价值约500万；
2013年8月6日，从中山大学药学院迁回至医院3号楼6楼至9楼，面积约5000㎡，仪器设备总价值约2000余万元。
回迁医院后，研究所办公及研究条件得到极大改善：依据国家标准建设了生物洁净安全实验室，不仅完善了对实验人员的保护，更是拓展了研究所可以承担的科研项目种类；中心实验室按照资源共享的原则，根据实验技术功能，划分为：分子生物学实验室、细胞生物学实验室、流式细胞学实验室，为医院科研提供更加科学高效的平台支撑；始建于2009年的分子诊断实验室，于2014年7月正式迁入按标准分子诊断室建成的专用区域。
